Organe des Vereins sind die Mitgliederversammlung, der Beirat sowie der Vorstand. Diese setzen Arbeits- sowie Fachgruppen ein und organisieren die Umsetzung gemeinsam gefasster Beschlüsse.
Die Zusammensetzung von Vorstand und Beirat zeigt, wie breit gefächert die Logistik Initiative inhaltlich und strukturell aufgestellt ist.